Woonhaven Antwerpen ontstond in juni 2008 uit de fusie van 4 sociale huisvestingsmaatschappijen: De Goede Woning, Huisvesting Antwerpen, Onze Woning en Perisfeer. De stad Antwerpen was van elke van de vier huisvestingsmaatschappijen hoofdaandeelhouder. Door de jaren heen had de stad aandelen verworven in ruil voor gronden waarop de maatschappijen hun activiteiten konden ontplooien. Het Antwerpse stadsbestuur wilde met de fusie één beleid rond sociale woningbouw in Antwerpen realiseren. De vier maatschappijen die fuseerden, waren al decennialang actief in Antwerpen en omgeving.
In 2023 moesten – naar aanleiding van een beslissing van de Vlaamse regering – sociale huisvestingsmaatschappijen en sociale verhuurkantoren één woonactor vormen met één speler per gemeente. Zo kwam er ook 1 woonmaatschappij voor de stad Antwerpen en haar districten: Woonhaven Antwerpen.
In januari 2023 ging Woonhaven samen met sociale huisvestingsmaatschappij De Ideale Woning en het Vlaams Woningfonds. In mei 2023 volgden het sociaal verhuurkantoor Antwerpen (SVKA) en Sociale Bouw- en Kredietmaatschappij ARRO Antwerpen. De sociale huisvestingsmaatschappij ABC fuseerde reeds in januari 2022 met Woonhaven.